/etc/X11/xinit/xinitrc では、~/.Xclients があればそれをexecで実行し、それ以外の場合で /etc/X11/xinit/Xclients があればそれをexecで実行します。したがって、~/.Xclients 内でWindow Managerなどが起動するように設定します。
例えば、Fluxbox のパッケージ ( fluxbox-0.9.14-1.fc4 ) では /usr/bin/startfluxbox という起動スクリプトが用意されているので、~/.Xclients は次のようになります。
exec /usr/bin/startfluxbox