hr要素は視覚的整形のための要素であることはHTML4の仕様書で述べられ済みなので、文書構造を示す要素なのか見ためのための要素なのかの議論は聞いたことないんだけどな。迷ったらまずは仕様書を読めばいいのに。
なぜ構造かと言うと、サンプルにあるように（ずいぶん長いサンプルですが）CSSの切られた状態でのページビューがナビ部位とコンテンツ部位をわかりやすく区切る役目を担っており、見やすさ＝ユーザビリティに配慮することになると思います。
なんか変な論理展開に思えます。「見やすさ」
とありますが、それならばそれは見ための話ですよね。文書構造ではなく。
以下に引用するようにHTML 4.01 Specificationでhr要素の仕様が書かれてある15 Alignment, font styles, and horizontal rulesにも視覚的整形のための要素であると記述されています。
This section of the specification discusses some HTML elements and
attributes that may be used for visual formatting of elements. Many of them are
deprecated.
工場長さんが仰るように各部位を文書構造として区切りたいならば、適切なブロックレベル要素を使うべきでしょう。汎用的な用途に使うことができるdiv要素というものも用意されています。